Temel İslam Bilimleri bölümü sekiz bilim dalından oluşur. Bunlar Tefsir, Kur'an-ı Kerim Okuma ve Kıraat İlmi, Hadis, Kelam, İslam Hukuku, Tasavvuf, İslam Mezhepleri Tarihi ile Arap Dili ve Belagatı’dır. Temel İslam Bilimleri Tezli yüksek lisans programı, bu bilim dallarının Tefsir hariç tamamını kapsayan ortak bir programdır. Tefsir bilim dalında müstakil bir yüksek lisans programı bulunmaktadır. Temel İslam Bilimleri Tezli Yüksek Lisans Programı ortak bir bakış açısıyla hazırlanmış olmasına rağmen yukarıdaki her bilim dalıyla ilgili çok sayıda dersi içeren müstakil ve zengin bir müfredat sunar. Böylece öğrenciye hem uzmanlaşmak istediği bilim dalında hem de ilgili dallarda kendini geliştirme, her bir alanı kendine özgü yöntem ve ilkelerle inceleme fırsatı tanır. Temel İslam Bilimleri Tezli Yüksek Lisans Programı’nın amacı başvuran adayların bu alanlarda yapılacak bilimsel araştırmaların geliştirilmesine katkıda bulunacak vasıflar kazanmasını sağlamak, araştırmacı adaylarının birikimlerini zenginleştirmek, uzmanlaşma yolunda onlara geniş bir perspektif ve güçlü bir akademik temel sunmaktır.